¿Alguien ha usado solo un segmento de un vuelo en conexion?

Voy a comprar un vuelo con una conexión ya que me sale mas barato que directo, supongamos que el vuelo es Monterrey-Puebla con escala en CDMX pero solo quiero usar el segmento MTY-CDMX Y CDMX-MTY, se que hacer esto es totalmente valido si se avisa a la aerolinea pero las dudas que tengo son:

¿Se paga alguna diferencia de TUA si el TUA que pagué fue mas barato que el del aeropuerto del que realmente voy a salir?
¿Como se da el aviso a la aerolinea y cuando?

Agradezco mucho si alguien ya tuvo una experiencia de este tipo y me comparte sus consejos. ¡Gracias!